Подключиться к серверу:

Создать Key Pair в консоли AWS и с скачать ключ.

chmod 400 /home/marley/Downloads/AWS-Key.pem
ssh -i /home/marley/Downloads/AWS-Key.pem [email protected]<ip_сервера>.

см:
http://www.youtube.com/watch?v=Ix5IDuyamuY

Converting a ppk file to a pem file for accessing AWS ec2 instances on Linux

$ sudo apt-get install putty-tools

$ puttygen ppkkey.ppk -O private-openssh -o pemkey.pem

http://webkul.com/blog/convert-a-ppk-file-to-a-pem-file/